V červnu roku 2000 se spojily dva sousední fotbalové kluby, Meteor a SK Čechie a byl zvolen název FK Louny.

Celá myšlenka vznikla před rokem 2000, kdy funkcionáři obou klubů stále hovořili o tom, jak je těžké obstarat finance k chodu klubu a celý rok se připravovalo celé sloučení, u kterého byli za Meteor Pavel Domecký a Jan Klonfar a za Čechii Julius Kyncl.

Hlavním úkolem bylo vytvořit silný prosperující klub. Vše zbrzdily dluhy, které vyšly najevo později a tím se vývoj prosperujícího klubu velmi, velmi zbrzdil. Cílem bylo alespoň zachovat Krajský přebor, což se nepovedlo a v sezoně 2002-2003 muži sestoupili do I.A třídy. Vše ale napravila naše mládežnická základna, na kterou se sázelo. V roce 2003, kdy muži sestoupili, tak žáci postupovali do Krajského přeboru. V sezoně 2003-2004 postoupily i naše přípravky a to také do Krajského přeboru. Vše bylo dovršeno v sezoně 2004-2005, kdy se podařil dlouho očekávaný postup našich dorostenců do Krajského přeboru. Muži se tohoto postupu dočkali v roce 2010. Nyní má klub dvě dospělá mužstva, dvě dorostenecká a pět žákovských mužstev, vše v Krajských soutěžích.